Esa misma temporada, y tras una gran remontada en la segunda vuelta, quedó 7.º, a las puertas de la clasificación para la Copa de la UEFA, con Dani Güiza como pichichi nacional con 27 tantos, galardonado además con la Bota de Plata del fútbol europeo y también consiguió ganar en estadios como el Camp Nou, Santiago Bernabéu, Mestalla, camisetas de futbol replicas San Mamés o Sánchez Pijuán. Desde los años 1990 su nivel de popularidad ha sobrepasado al del béisbol, logrando así la clasificación como el deporte más popular de esa nación. En la temporada 2006-2007, Gregorio Manzano se ganó la continuidad en el banquillo y tras dos años coqueteando de manera peligrosa con el descenso, prometió que esta temporada no pasarían muchos apuros, objetivo que cumplió gracias a la buena planificación en pretemporada y a que el equipo consiguió la permanencia a falta de seis jornadas. Después de dieciséis años de ausencia en la categoría de plata, el Mallorca contrató a José Luis Oltra como nuevo técnico con el objetivo de volver a Primera División. El conjunto bermellón comenzó la temporada 2013-14 con 3 derrotas consecutivas, y aunque salió de la zona de descenso, se quedó anclado a media tabla, sin entrar en puestos de «play-off» de ascenso y siendo uno de los equipos más goleados de la categoría.
Pero a partir de ese momento, el equipo isleño encadena cinco victorias consecutivas que lo catapultan a la zona media de la clasificación. Esta victoria supuso la clasificación sevillista para la Liga de Campeones, acabando el Mallorca en quinta posición, que daba acceso a la Europa League. Todos los Campeonatos del Mundo de la FIBA así como sus fases de clasificación. Con el propósivo añadido de ver en el feudo blanco a los mejores equipos y jugadores del mundo, se invitó en la primera edición del Trofeo Santiago Bernabéu a tres campeones de Europa: el Fußball Club Bayern München -a la postre campeón del torneo-, el Amsterdamsche Football Club Ajax y la Associazione Calcio Milan. Se trata, en definitiva, de una amalgama de jugadores veteranos, jóvenes promesas y jugadores del filial. También en esta temporada se produjo una convulsa situación institucional. El 4 de junio de 2017 consuma su descenso a Segunda División B a falta de una jornada tras una nefasta temporada en Segunda. El técnico Gregorio Manzano se convirtió esa temporada en el entrenador con más partidos en Primera División con el club. Bastantes tienen experiencia de jugar en la Primera División en España o en el extranjero.
En 1968, debido a la crisis de la industria textil, La España Industrial renunció a mantener el equipo de fútbol, camiseta fútbol que quedó plenamente bajo control del F. C. Barcelona. El éxito de esta apuesta ha resultado ser un fracaso absoluto ya que el equipo acabó la primera vuelta en puestos de descenso y eso provocó la destitución de Albert Ferrer y fue relevado por Pepe Gálvez. El equipo de Gregorio Manzano consiguió la permanencia a falta de cuatro jornadas para finalizar el campeonato gracias a los 37 puntos conseguidos en la segunda vuelta. A los doce partidos, y con una racha de 3 puntos de 24, Lluís Carreras es destituido y sus sustitutos son Javier Olaizola y Pep Alomar, quienes deberán asegurar la permanencia en los 3 últimos partidos. La permanencia se fraguó con dos victorias, una en el Vicente Calderón 0-1 contra el Atlético de Madrid y otra en casa ante el Valencia CF 2-1 a falta de dos jornadas para el final.
El 4 de enero de 2016, el estadounidense Robert Sarver se convierte en máximo accionista del club a través de una ampliación de capital y nombra consejero delegado a Maheta Molango, quien será el que tome las decisiones a partir de ese momento. La temporada comienza a finales de julio y finaliza a principios de mayo, mientras que los equipos juegan 30 partidos cada uno en la temporada regular, y luego entran en play-offs en función de su posición en la temporada regular. Con Cúper consiguió 19 puntos en 23 jornadas, con Manzano se consiguió 24 puntos en 15 partidos. La mala racha continúa y el Mallorca cae al último puesto de la clasificación, con solo 2 puntos en 7 jornadas, situación detonante de la dimisión de Dudu Aouate. En el Grupo 1 de la Segunda etapa se jugaron 10 fechas sumadas las 24 fechas de la Primera etapa son 34 partidos, también se sumaron los puntos.
