Confederación Sudamericana de Fútbol. En el período agosto-diciembre, Pachuca logró otro campeonato internacional, ganando la Copa Sudamericana 2006. Participó por primera vez en este certamen ganándola al primer intento. En el Torneo Clausura 2006, el Pachuca terminó como Superlíder absoluto, siendo el mejor en temporada regular. En la temporada 2007 disputarían la recién creada SuperLiga Norteamericana, la cual se adjudicaron la noche del 29 de agosto en Carson, California, venciendo al local Los Ángeles Galaxy, llegando hasta la fase de penales donde el portero colombiano Miguel Calero fue el héroe de la noche atajando un penal a Landon Donovan, dándole así a los Tuzos del Pachuca un título más, encumbrando los grandes años de la institución. Clasificaron a la fase previa de la Copa Libertadores ganando su final en la Interliga para enfrentar a la Universidad de Chile, tras la gran actuación del guardameta colombiano Miguel Calero. En enero de 2006 el equipo bate un nuevo récord en la historia del club, al encadenar dieciocho victorias consecutivas sumando partidos de la Liga de Campeones, la Liga y Copa del Rey.
En agosto de ese mismo año, se convirtió en el primer equipo andaluz que se clasificó para disputar la Copa de Europa bajo el formato de Liga de Campeones al superar en la eliminatoria previa al AS Mónaco -subcampeón de la edición de 2003-04-, que contaba con jugadores de la talla de Roma, Maicon, Evra, Adebayor y Chevantón. La ida en el Estadio Jalisco se empató con trabajos del equipo hidalguense, por lo que el resultado fue 2:2. La vuelta mostró grandes jugadas ofensivas y defensivas por lo que el tiempo regular terminó empatado a 0 goles. Pachuca sería derrotado en la ida por marcador de 2:0 en contra. Pachuca manejó la ida con un cómodo 2:0 en el estadio Hidalgo. En semifinal hace frente a Atlante, eliminándolo con cerrado 2-1, 0-0 el de ida y 2-1 en el estadio Hidalgo; goles de Caballero y Claudio Da Silva, por la visita Sebastián González.
El equipo anotó un total de 149 goles y recibió 196, obteniendo un total de 138 puntos. Antes de cruzar el charco de vuelta a casa, el equipo viajaría hasta Chicago para disputar un partido amistoso en el estadio Soldier Field, con derrota por 5-4 ante el Rapid de Viena. El 6 de febrero de 2008 fueron derrotados por 1-0 ante Uzbekistán en Beirut; e delantero uzbeko Odil Ahmedov había puesto enfrente al visitante en 44 minutos. En el Torneo Clausura 2004, con la salida de Adolfo Bautista a Guadalajara, como única novedad, en el torneo evidentemente se desmejoró al conseguir 26 puntos, ubicándose como 8.o lugar; enfrentó a Cruz Azul en reclasificación y perdió ambos duelos 1-2 la ida y 0-2 la vuelta. En el Torneo Apertura 2003 fue contratado Víctor Manuel Vucetich como entrenador, el equipo reforzó su plantel con el regreso de Octavio Valdez de Toluca, el colombiano John Harold Lozano, Marinho Ledezma de Cruz Azul, el uruguayo Gabriel Alves, regresaron Gabriel Caballero de Atlas, Claudio Da Silva de Colibríes y Manuel Vidrio sin mucha fortuna del Osasuna de España, y la contratación más importante con Adolfo Bautista de Morelia, a quien no le agradó ser adquirido en el draft por Pachuca, pues él esperaba ser contratado por un club más importante y propicio que durante el torneo tuviera escasa actividad.
El señor Rafael León comienza con la producción de suelas para zapato en San Francisco del Rincón creando la empresa Caribean, y para 1990 se crea la empresa «Maquiladora de Calzado Caribean», dedicada a la fabricación de calzado soccer; en 1992 se crea «Manufacturera San Javier» para dar apoyo administrativo a empresas especializadas en manufactura de ropa y accesorios y en 1994 nace «Maquiladora San Javier» que apoya a las otras dos empresas en la producción de calzado de running y básquet. Tal es así, que en las diferentes competencias en las que participan, camisetas de fútbol baratas un ocasional cruce entre ambas es considerado un verdadero derbi. El uruguayo fue el máximo goleador de un Albacete Balompié que luchó por las plazas europeas a pesar de ser debutante en la máxima categoría. El ascenso del Rayo también habilitó otro hito: la presencia de cinco equipos madrileños en la máxima categoría del fútbol español para la temporada 2018-19. Nunca había contado una provincia con tantos clubes a la vez en la máxima categoría. Está repleto de grandes pararrayos construidos por cierto hombre que, irónicamente, murió fulminado de un rayo. Los «Tuzos» tuvieron un repunte importante con 10 triunfos, 6 empates y 3 derrotas, para conseguir el tercer lugar general y primer lugar del grupo uno con 36 puntos, en liguilla en cuartos de final contra Necaxa con disputado 4-3 global, ganado el de ida 3-1; goles de Manuel Vidrio, Santana y Ledezma; por los rayos anotó Ángel Sosa; el de vuelta Necaxa ganó 2-1 con goles de Braulio Luna, descontando Claudio Da Silva.
