Fue internacional con la selección de fútbol del Perú en once partidos oficiales y marcó seis camiseta futbol baratas goles. Sus restos se encuentran en el Cementerio Presbítero Matías Maestro, específicamente en el nicho 10-1C del Cuartel Santa Aurelia, al lado de otras figuras insignes de la historia y la cultura del Perú. Falleció el 11 de abril de 1944 debido a la tuberculosis en la sala Santa Rosa del Hospital Dos de Mayo, a la edad de 35 años. Su padre falleció cuando tenía cinco años y su madre quedó al cuidado de él y su hermano Gregorio. En él se enfrentaron al Athletic Club, el club más laureado del campeonato liguero, competición en la que debutaron frente al Fútbol Club Barcelona. Mientras que, su primer partido oficial con la escuadra aliancista fue el 22 de mayo de 1927 frente al Ciclista Lima Association válido por el campeonato local. Con el torneo local suspendido, Villanueva formó parte de la selección peruana en los Juegos Olímpicos de Berlín de 1936 y la Copa América de Argentina de 1937. En 1937, nuevamente obtuvo el subcampeonato con el cuadro aliancista.
También Centroamérica fue parte de la gira, donde admiraron la exquisita técnica de Manguera. Ese mismo año, en un encuentro jugado en el Callao, Manguera Villanueva realizó una jugada de gol sorprendente. Villanueva y sus compañeros fueron suspendidos de toda competición oficial, por lo que adoptaron el sobrenombre de Los Íntimos de la Victoria, con el que jugaron partidos de exhibición en canchas de provincias. Jugó por última vez frente a Malí en donde perdió 2:1 y Botsuana se despidió de la única copa que participó hasta ahora sin recolectar un punto colocándose en el último lugar del grupo y de la competición pero Botsuana consiguió su mayor logró. A los 18 años, debutó con la camiseta de Alianza Lima, el 9 de enero de 1927, en un partido amistoso frente al Association FBC. En la final, y frente a los 40.000 «piratas» que asistieron al Estadio Kempes, Belgrano supera al Honved Budapest de Hungría, con un gol agónico del «Gringo» Coletti en tiempo de alargue.
Por primera vez en su historia, Costa Rica disputó el partido inaugural de un campeonato mundial al enfrentarse a la selección alemana, el 9 de julio de 2006 en el Estadio de la Copa Mundial en Múnich. Fue invitado junto a Alianza Lima a una gira por Costa Rica, financiada por los clubes Libertad y Herediano. Entre 1941 y 1943, Villanueva también se dedicó a ser director técnico de Alianza Lima. En 1931, ya solucionado el problema con la federación, Alianza Lima consiguió nuevamente el título y Villanueva fue el goleador del campeonato con 16 tantos. Al finalizar el campeonato de 1938, tras una mala campaña descendió a la Primera División de la Liga Provincial de Lima de 1939, ascendiendo un año después a la división de honor. El año 1928, reforzó al Atlético Chalaco, junto a Demetrio Neyra y Alberto Montellanos, en la primera gira de un equipo peruano a Chile. Pos. Equipo Pts Ed PJ PG PE PP GF GC Dif. El primer equipo llegó a jugar en la categoría Regional Preferente de Madrid durante varias temporadas consecutivas, futbol camisetas siendo así un equipo referente en el fútbol madrileño.
Asimismo, fue el mejor jugador y goleador de la temporada con diez anotaciones, desde ese momento, se convirtió en referente del equipo blanquiazul. Cuando dejó la presidencia fue nombrado presidente honorario y en 1924, fue elegido presidente de la Asociación Española de Lawn Tennis, cargo que ocupó hasta el 1928 y le comportó un lugar como tesorero del Comité Olímpico Español y la capitanía del equipo de Copa Davis. Retoma el anterior nombre de Asociación Uruguaya de Football un 30 de junio de 1936, siendo Presidente el Dr. Raúl Jude. Como respuesta, los dirigentes de la FPF adujeron que «no trataban con los jugadores» por lo que Juan Bromley, presidente de Alianza Lima, realizó oficialmente el pedido recibiendo una respuesta afirmativa. Desarrolló su carrera profesional en el Club Alianza Lima, a pesar de haber recibido ofertas del extranjero. Alejandro Villanueva debutó exitosamente en Primera División con Alianza Lima el 22 de mayo de 1927, donde obtuvo el campeonato nacional con tres goles de su autoría. Alejandro Villanueva, líder nato, se acercó a la Federación Peruana de Fútbol para solicitar el levantamiento del castigo que había sido a perpetuidad, el castigo fue impuesto porque los jugadores aliancistas renunciaron a la selección por motivos económicos.
