Con el ascenso del Eibar a Primera División y su afianzamiento en la categoría, ya que en la temporada 2017-18 disputará su cuarta campaña consecutiva en Primera; se está produciendo un cambio del papel tradicional que tiene el Eibar en el fútbol vasco. En la temporada 2003-04 el equipo empezó una campaña muy exitosa, llegando a estar invictos durante el torneo Apertura durante 21 fechas (convirtiéndose esto en el mejor arranque de un campeonato del Deportivo Saprissa); en la última fecha del torneo y con la seguridad de haber ganado el torneo Apertura 2003-04 y asegurándose así una eventual final, cayó su invicto de 21 fechas ante la Asociación Deportiva Ramonense. Gracias a que el Saprissa se consagró campeón del Invierno 2008 este disputó nuevamente la Liga de Campeones de la Concacaf en la edición 2009/10, el Saprissa disputó su pase a la fase final en el Grupo C, enfrentando a los equipos de Cruz Azul de México, el Columbus Crew de Estados Unidos y el Puerto Rico Islanders, durante este torneo el cuadro morado no logró el pase a la fase final dado que este solamente consiguió ser tercero en su grupo.
2003, adquiere la mayoría del paquete accionario y logra salvar de una potencial quiebra económica al conjunto morado. En el torneo de 1961, Universidad de Chile y Universidad Católica igualaron en puntos y forzaron a dos partidos de definición en los que, tras un empate en el partido de ida, el conjunto cruzado ganó el partido de vuelta por 3-2, con tiro penal de Alberto Fouillioux a los 85 minutos, marcador que lo llevó a obtener su tercer título nacional. Durante el año 2006 el Saprissa participó en una nueva edición de la Copa de Campeones de la Concacaf del mes de febrero al mes de abril, en la fase de cuartos de final enfrentó a Los Angeles Galaxy al cual eliminó con un global de 3-2, en la fase de semifinales el equipo morado enfrentó al Deportivo Toluca, abriendo la serie en México, el Toluca obtuvo la victoria sobre el Saprissa con marcador de 2-0, y en el partido de vuelta el Saprissa tenía la obligación de darle la vuelta a la serie, pero el cuadro morado no lo logró, terminando el partido de vuelta a favor de Saprissa 3-2, con el global con 4-3 a favor del Deportivo Toluca dejando así al campeón defensor fuera de la final de la Copa de Campeones de la Concacaf 2006. En el campeonato nacional el Saprissa ganó tanto el torneo Apertura como el torneo de Clausura de la temporada 2006-07 ante el Pérez Zeledón y la Liga Deportiva Alajuelense respectivamente haciendo que el cuadro morado ganara el bicampenato, lo que significó su estrella número 25 en el balompié nacional.
En los primeros años de esta década solo fue campeón nacional en 1982 y a nivel internacional se proclamó campeón de la Copa Camel en 1985. Saprissa vuelve a retomar el protagonismo a finales de los años ochenta obtuvo el bicampeonato en 1988 y 1989; y para la década de los noventa ganaron siete títulos (internacionales y nacionales): ganó la Copa de Campeones de Concacaf en dos ocasiones en 1993 y 1995, uno del torneo Grandes de Centroamérica en 1998 y cuatro campeonatos nacionales en las temporadas 1993-94, 1994-95, 1997-98 y 1998-99. En los dos últimos campeonatos de la década marcó más de 100 anotaciones (101 goles en la campaña 1997-98 y estableció el récord de más anotaciones en una sola temporada con 108 goles en el torneo 1998-99). Por los logros anteriores fue declarado el Equipo del Siglo XX en Costa Rica por la prensa nacional. En diciembre de 2005 el Deportivo Saprissa jugó su primer partido del Mundial de Clubes ante el Sidney Football Club en el Estadio Toyota en donde ganó el partido con marcador de 1-0 con gol de Christian Bolaños, con este triunfo el Deportivo Saprissa clasificó a las semifinales y disputó la semifinal ante el campeón de Liga de Campeones de la UEFA el Liverpool Football Club en el Estadio Internacional de Yokohama, al final el club inglés se dejó la victoria ante el cuadro morado con un marcador de 3-0. El Deportivo Saprissa disputó el encuentro por el tercer lugar, su último partido del Mundial de Clubes fue ante el Al-Ittihad de Arabia Saudita ganándole a dicho equipo árabe en un reñido partido con marcador de 3- 2, y alcanzó con esto el tercer lugar de la Copa Mundial de Clubes de la FIFA en su primera participación, logrando así dejar el nombre de Costa Rica en lo más alto del fútbol mundial.
En el año 2005 el Deportivo Saprissa afrontó una nueva edición de la Copa de Campeones de la Concacaf del mes marzo hasta el mes de mayo de 2005, en donde se enfrentó en cuartos de final al Kansas City Wizards imponiéndose sobre este con global de 2-1; posteriormente en el mes de abril jugó en semifinales contra el club de fútbol Monterrey, en el primer partido celebrado en el Estadio Ricardo Saprissa el cuadro morado empató con marcador de 2-2 con un gol agónico de Allan Alemán, ya en el partido de vuelta se disputó uno de los partidos más duros y difíciles que haya afrontado el Saprissa durante este torneo, dado que al inicio del partido expulsaron a Walter Centeno dejando al Saprissa con 10 jugadores, aunque esto pudo haber sido el fin para Saprissa en el torneo, el cuadro morado impuso sus condiciones y con un jugador menos empató un partido que se creía perdido para el cuadro morado, con gol de Rónald Gómez, esto hizo que el partido se fuese a un decisiva tanda de penales en donde el cuadro morado se triunfó con un marcador de 5-3, haciendo que Saprissa disputase una nueva final de Copa de Campeones de la Concacaf, siendo esta la segunda consecutiva, y en la final efectuada en el mes de mayo el cuadro morado se enfrentó al cuadro de Pumas de la UNAM.
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