En la temporada 2013/14 el equipo participó en la Copa del Rey de Fútbol eliminando al Novelda Club de Fútbol y al Club Haro Deportivo en las rondas previas. Pese al gran refuerzo de los talentosos zurdos, la marcha del equipo no es todo lo buena que cabía esperar y Jorge Valdano fue despedido mientras Ramón Mendoza dimitía del cargo por los malos resultados deportivos y la enorme deuda que acumulaba el club. La experiencia del entrenador en vestuarios con muchas nacionalidades (como el de Olympiacos FC) le hizo empezar con muy buen pie y el equipo consiguió encadenar victorias que lo llevaron a alcanzar el 5.º puesto. 17 de febrero de 2009, al no poder hacer frente a los pagos de la empresa constructora, pero el equipo protagoniza el mejor inicio de Liga de su historia al permanecer invicto durante las primeras 8 jornadas, colocándose líder. Canales, Éver Banega, Piatti, Mathieu, y otras de menor gravedad pero que coincidieron en el inicio de la temporada como las de Rami, Albelda, Gago, y Ricardo Costa. El 21 de agosto finaliza la primera fase de la ampliación con un importe recaudado de 18.750.000 euros de los 92 millones que en los que estaba aprobada la ampliación.
Pocos años después, la temporada 1980-81, se proclamó campeón de Tercera división y ascendió por primera vez a Segunda división B, que es la mayor categoría alcanzada hasta el momento. Por otra parte en la Liga de Campeones se clasificó para los octavos de final al hacer en la fase de grupos los mismos números que el Bayern de Múnich, haciendo además un épico partido frente a los alemanes en Mestalla donde se empató 1-1 pero el Valencia estuvo cerca de ganar jugando con un hombre menos. Tras el partido Valverde anunció que no aceptaba la oferta de renovación por la inestabilidad social del club, aunque varios medios de comunicación ya filtraron la noticia de que el entrenador anunció su decisión a los jugadores antes de iniciarse el partido. El motivo de la ruptura es que la entidad bancaria (intervenida y bajo la supervisión de la Unión Europea que impedía al banco aumentar su patrimonio inmobiliario al tenerlo ya muy elevado fruto de los múltiples desahucios de viviendas que tuvieron lugar en España los últimos años) precisa de liquidez y no de bienes inmobiliarios. La selección catarí accedió nuevamente a la cuarta ronda eliminatoria en las clasificatorias para el Mundial de Brasil 2014. Sin embargo terminó en el 4.º lugar del grupo A, fuera de la zona de clasificación.
Durante la edición de 1917 el equipo nacional logró su mayor resultado en el fútbol internacional liderados por el icono filipino-español Paulino Alcántara donde derrotaron 15-2 a Japón peor resultado conseguido por esta selección en su historia. El equipo juega sus partidos como local en el Campo Juan Baleato, con capacidad para 1.200 espectadores. Finalmente fue el segundo máximo accionista, Vicente Soriano, quien llegó a un acuerdo por el paquete accionarial de Juan Soler, el cual nunca llegó a comprar, y nombró un nuevo consejo de administración en el que estaban, entre otros, Fernando Gómez Colomer como Vicepresidente Deportivo, convirtiéndose en el máximo responsable de la parcela deportiva en sustitución de Juan Sánchez. Pasan los días y la empresa uruguaya no hace frente a los pagos de los paquetes accionariales de los máximos accionistas: Juan Soler, Vicente Soriano y Vicente Silla. Por otro lado, el logo de la supuesta empresa se encuentra sacado de una página web de dibujos infantiles para colorear. Wikimedia Commons alberga una categoría multimedia sobre Primera División de Chile. Anteriormente, en la primera etapa del club con su actual nombre, se utilizó un escudo de forma puntiaguda con la punta hacia abajo, con dos franas laterales de color rojo y una central blanca -entonces su uniforme era rojo-, todas ellas verticales.
El 22 de agosto se anuncia que la Fundación Valencia CF compra el capital sobrante de la primera ronda de la ampliación, aproximadamente un 72%, gracias a un préstamo de Bancaja avalado por la Generalidad Valenciana a través de su Instituto Valenciano de Finanzas (IVF). Pese a los continuos rumores de que de aquí a quince días Inversiones Dalport acudiría a la ampliación para depositar los 46 millones de euros necesarios para mantener su supuesto poder accionarial, nunca se concreta la operación y la ampliación sigue adelante sin esta supuesta empresa. Ya con Braulio Vázquez con plenos poderes llegan las contrataciones de Aduriz, Tino Costa, la cesión de Stankevicius, y en invierno la gran operación del delantero brasileño Jonas Gonçalves, por solo 1’2 millones de euros. Bruno, Moyá, Dealbert, Mathieu, Nacho González, y el regreso de futbolistas cedidos como Éver Banega, David Navarro, Jordi Alba y Miku, además de la incorporación en el mercado de invierno del argentino Chori Domínguez.
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